Andersen, L.W. & Wiberg-Larsen, P. 2017. Undersøgelse af forekomsten af flodperlemusling (Margaritifera margaritifera) i Varde Å ved brug af eDNA. Aarhus Universitet, DCE – Nationalt Center for Miljø og Energi, 28 s. - Videnskabelig rapport fra DCE - Nationalt Center for Miljø og Energi nr. 224. http://dce2.au.dk/pub/SR224.pdf
Denne rapport dokumenterer, at flodperlemuslingen, Margaritifera margaritifera, stadig forekommer på sine historiske levesteder i Varde Å. Således blev arten påvist hhv. 500 m opstrøms for Vagtborghus og ved Varde Sommerland i Varde by. Til gengæld kunne den ikke påvises ved Sig, der ligger ca. 6 km opstrøms herfor.
Påvisningen blev foretaget ved hjælp af eDNA analyser på hhv. 15 mL vandprøver og sedimentprøver. Ud over indsamlingslokaliteterne i Varde Å blev der indsamlet prøver fra to vandløb i Blekinge (Sydsverige), hvor arten forekommer i hhv. meget store og meget små tætheder, samt fra tre danske vandløb (Suså på Sjælland, samt Geelså og Odense Å på Fyn), hvor arten med stor sikkerhed aldrig har levet, men hvor den nært beslægtede tykskallet malermusling (Unio crassus) enten forekommer eller har forekommet indtil for relativt nyligt.
Samtlige ekstraktioner af eDNA (hhv. ufiltreret vand og sediment) blev udført ved hjælp af PowerSoil kit (MoBio). Dette minimerer indholdet af uønskede opløste organiske stoffer og partikler i vandet. Det ekstraherede eDNA blev derefter opformeret med primersættet MmaCOI, der var udvalgt blandt tre forskellige primersæt til specielt at opfange eDNA fra flodperlemusling. Primersættet blev forinden optimeret med enzymet (KAPA SYBR® FAST), der anvendes til opformering af DNA (qPCR), på DNA fra vævsprøver af flodperlemusling (Margaritifera margaritifera), spids malermusling (Unio tumidus), alm. malermusling (Unio pictorum), lille dammusling (Anodonta anatina) og tykskallet malermusling (Unio crassus). Formålet var at gøre primersættet artsspecifikt for flodperlemuslingen. Det ekstraherede eDNA fra vandprøverne blev dernæst opformeret og analyseret ved qPCR. Grænsen for påvisning af DNA fra flodperlemusling i de pågældende vandprøver blev endvidere fastsat ud fra en række af fortyndinger af en DNA-standard koncentration (baseret på flodperlemuslingevæv). De resulterende såkaldte amplifikations-plot blev analyseret visuelt. For at en given prøve (hhv. vandprøve eller sediment prøve) kunne betegnes som positiv, dvs. indeholde DNA fra flodperlemusling, skulle der være mindst to positive triplikat-plot ud af de tre mulige og samtidig skulle værdierne ligge inden for påvisningsgrænsen (angivet ved Ct værdier). For at verificere, at et positivt amplifikations-plot reelt repræsenterede et PCR-bånd i den forventede størrelse, blev de positive prøver yderligere analyseret på gel for at kontrollere at eDNA stykkerne havde den rigtige flodperlemuslingesekvens. Ud over de nævnte prøver blev der foretaget lignende analyser på negative kontroller (prøver uden eDNA).
Flodperlemuslingen blev på baggrund af såvel vand- som sedimentprøver påvist ved de to lokaliteter i Varde Å, samt på de to syd-svenske lokaliteter. Derimod blev den ikke påvist i de tre øvrige danske vandløb (bortset fra en enkelt åbenlyst ”falsk positiv” vandprøve fra Odense Å), hvorfra arten heller ikke var forventet, eller længere opstrøms i Varde Å, hvorfra den ikke er kendt.
Den præcise udbredelse af bestanden af flodperlemusling i Varde Å kan ikke fastslås på baggrund af de udførte undersøgelser, idet det udskilte eDNA føres med strømmen. Imidlertid er det rimeligt at antage, at arten findes på en vis strækning såvel opstrøms for Vagtborg, samt ved Varde Sommerland. Det er endvidere (ud fra vandføring og potentielt udskilt eDNA i hhv. Varde Å og de to svenske vandløb) vurderet sandsynligt, at bestanden ikke er ubetydelig. Analyserne giver ingen konklusioner om individernes aldersfordeling, eller om der forekommer rekruttering af unge muslinger.
Fangsten af et 102 mm langt eksemplar i efteråret 2000 tyder på, at der kan forekomme formeringsdygtige muslinger. Endvidere er vækstforholdene i Varde Å sammenlignelige med tilsvarende i midt-svenske vandløb (samme temperaturforhold i sommerperioden, hvor arten har sin primære vækst), hvor sammenhængen mellem længde og alder er kendt. På den baggrund vurderes det pågældende individ at have været 50-60 år og dermed potentielt formeringsdygtig. Normalt regnes individerne for formeringsdygtige indtil en alder af 90-100 år.
Den anvendte eDNA teknik kan påvise forekomst af flodperlemuslingen, men ikke størrelse og alderssammensætning. Der er derfor stadig stort behov for supplerende og mere traditionelle undersøgelser (som under det hidtidige NOVANA), der kan belyse Varde Å bestandens størrelse, alderssammensætning, vækstforhold, samt om der forekommer rekruttering af ny muslinger, kort sagt om bestanden kan betragtes som levedygtig.
