DCE varetager hovedparten af rådgivningen af danske myndigheder inden for miljø- og naturforvaltning. Det er målet at yde en forskningsbaseret støtte til myndigheder og andre beslutningstagere med helhedsorienteret rådgivning og integrerede modeller og beslutningsstøttesystemer. En forskningsbaseret rådgivning sikrer, at det er de nyeste metoder, analyser m.m., som lægges til grund for rådgivningen. 

DCE har en række funktioner, som kan samles under betegnelsen forskningsbaseret myndighedsbetjening. Kunderne er Miljø- og Fødevareministeriet og Energi-, Forsynings- og Klimaministeriet. DCE har derudover en rådgivningsforpligtigelse over for Miljøstyrelsen for Råstofområdet  i Grønland. Der er indgået en rammeaftale mellem Aarhus Universitet og Miljø- og Fødevareministeriet om udførelse af DCE/AU’s forskningsbaserede myndighedsunderstøttelse.

DCE trækker på hele Aarhus Universitets videnbase når der leveres forskningsbaseret rådgivning. Miljøforskning og rådgivning ved Aarhus Universitet udføres først og fremmest af medarbejdere ved institutterne Ecoscience og Miljøvidenskab med tilsammen ca. 450 medarbejdere og rådgivning sker på basis af internationalt anerkendt forskning.