Fald i belastningen med næringsstoffer fra landbrug og spildevand og en mere skånsom pleje af vandløb er blandt årsagerne til, at det danske vandmiljø er i bedring. 52 % af de danske vandløb havde i 2007 en god eller meget god vandløbskvalitet mod 42 % i 2000. I søerne er vandets klarhed øget, og bundvegetationen har fået bedre vilkår.
På trods af forbedringerne er mange søer stadig i dårlig tilstand med uklart vand og høj algemængde, mens en del vandløb fortsat lider under forarmede fysiske forhold.
Det danske grundvand er under pres. Fund af pesticider i grundvandet er steget markant, og 100-150 drikkevandsboringer lukkes om året pga. forurening med bl.a. pesticider og nitrat. Det samlede forbrug af grundvand har været stabilt siden 2000. Vandværkernes og industriens forbrug er faldende, mens markvandingen er steget med 40 % siden 2000. Udnyttelsen vurderes at være bæredygtig på landsplan.
EUs Vandrammedirektiv har som overordnet mål, at vandmiljøet skal opnå en god økologisk tilstand senest i 2015. Aftalen om Grøn Vækst fra 2009 skal medvirke til, at belastningen af vandmiljøet mindskes. I den kommende tid offentliggør de statslige miljøcentre nye natur- og vandplaner, der skal bidrage til, at miljømålene kan opfyldes.
