Siden 1990 er der sket et stort fald i tilførslen af fosfor og kvælstof til havmiljøet. Selvom dette skulle medvirke til en bedre miljøtilstand i havet, er der ikke observeret nogen forbedring i forekomsten af iltsvind i de danske farvande de seneste år.
15 ud af 40 fiskebestande i Nordsøen og Østersøen er overfiskede. Bestanden af torsk nåede i 2006 ned på det laveste niveau nogensinde observeret. Siden da har bestanden været i svag fremgang men ligger stadig langt under bæredygtighedsgrænsen.
Forekomst af miljøgifte i havmiljøet udgør stadig et problem, selvom der ses positive tendenser for nogle stoffer. Fx er indholdet af TBT i blåmuslinger faldet med 80 % siden 2000. Men indholdet af især kviksølv og TBT overskrider stadig internationalt anbefalede kriterier i mange danske farvande.
Danmarks produktionsplatforme i Nordsøen udleder over 700 tons olie årligt til Nordsøen fra produktions- og ballastvand, hvilket er en kraftig stigning siden 2000. Der blev observeret 117 olieforureninger i de danske farvande i 2007/2008, hvilket er i samme størrelse som årene før.